Cojo un texto con intros de un archivo externo, y lo almaceno en una variable String, pero al intentar reemplazar saltos de linea de esa variable con .remplace no puedo.
Se me ocurre que vayas caracter a caracter para ver qué código ASCII es el de fin de línea Una vez hecho eso espero que con remplace se pueda reemplazar (no sé si habrá algo parecido al ignoreWhitespace=true de los XML)
