Hola,
bien, ese es (fué) un tema bastante "polémico", se ha tratado en muchos blogs, foros, etc. Aunque luego de muchos debates creo que ya está muy bien definido el porqué de no hacer una web 100% en flash, hay muchos contras a éste método, el SEO casi imposible, el aumento de peso, etc. Tal como dice en
http://www.desarrolloweb.com/articulos/2424.php
"Mi opinión es que Flash es muy útil, pero hay que utilizarlo correctamente para no penalizar las posibilidades de promoción de nuestra web."
Si, tienes razón, la web
http://www.perfectimage.com.mx/ maneja el contenido únicamente en el root o index, aunque no está hecha 100% en flah, puedes revisar el código fuente de la web, o hacer click derecho en la parte extrema del lado izquierdo, verás que ahí es html, no flash... De cualquier manera, si no se tiene la suficiente publicidad, no es recomendable utilizar una web 100% en flash, empresas como Sony pueden darse el lujo de hacerlas así, puesto que su publicidad ya está hecha

, ahora, puede que la información no esté encapsulada en un sólo archivo, sino que la interfaz está creada para mostrar la información almacenada en XML o en una base de datos, y el archivo flash únicamente lee y muestra el contenido.
Es una buena práctica el utilizar varias escenas (según mi experiencia) para dividir el contenido y a su vez el peso, aunque optimizando lo necesario puede llegar a ser innecesario el uso de varias escenas, pero si, es bastante útil, no muy cómodo a veces, pero si útil, ese método si existe

, y se utiliza en muchas webs que he visto...
Hasta luego!