Al final hice unas pruebas y lo he conseguido, era bastante más simple de lo que aprecía. No se si es lo más óptimo pero si que me vale por ahora. Aquí dejo el código por si le interesa a alguien:
Código ActionScript :
private function addFolder(ruta:String):void {
var newNode:XML = <node/>;
newNode.@label = folderName.text;
newTree.selectedItem.appendChild(newNode);
ruta = ruta + '.' + String(folderName.text);//consigo la ruta del nodo padre y le añado el nuevo nodo, esto lo hago por que java lo necesita, no porque se necesité para añadir un nodo
srv.addFolder(ruta);//para cambiarlo en el servidor java
folderName.text = ""; //clear text from the text input
}
No eniendo que quieres decir con guardar el xml en el mismo servidor.Yo hago el cambio y luego lo guardo en el servidor de mi correo utilizando javamail, pero ese es mi caso concreto, no entiendo que quieres decir. Eso es lo que encesito yo, porque trabajo con JavaMail en el servidor, no una solución generica.