Descargar archivo desde cd

Hola, estoy haciendo un cd con una aplicación .exe. En la aplicación tiene que haber unos botones con la posibilidad de descargar unos archivos para guardar-los en el ordenador. He probado con getUrl y ya funciona pero la ventana dónde pregunta si se quiere abrir o guardar el archivo aparece detrás de la ventana dónde se ejecuta la aplicación y el usuario no se entera. He visto en algunos foros la opción de usar "filereference.download". También he visto un tutorial en ésta misma web. No he conseguido hacerlo funcionar. Si álguien me puede ayudar. O si hay alguna otra opción.

Gracias.

FileReference se usa solamente para aplicasiones online, o tu localhost si es que tienes un servidor apache por ejemplo.