Supongo que será por cuestiones técnicas. No se cuanto sabes de informatica, pero por si acaso aclaro que hay muchas formas de almacenar números en memoria: enteros, con signo, sin signo, coma fija, coma flotante... y además distintos tamaños: byte, word...
Es chocante aunque tiene su lógica. En un ordenador internamente todo son números binarios. Para representar en el sistema decimal un número entre 0 y 99 (100 valores distintos) necesitas 2 cifras. Para números más grandes (a partir del 100) ya necesitas una cifra más, con lo que te ocupa más espacio (incluso espacio físico, en papel, 3 cifras ocupan más que dos). Para representarlo en binario (1100100), necesitas 7 bits. De esa forma, estás reservando 7 bits para representar un número que solo va a tomar valores entre 0 y 99. Parece correcto, pero es que con esos 8 bits en binario puedes almacenar hasta el valor 128 (1111111), con lo que si solo permites valores entre 0 y 100, hay combinaciones que no estás usando, por lo tanto estás desperdiciando espacio. Esa es la razón por la q en informática se trabaja tanto con valores que son potencias de 2 (128,256,512,1024) en lugar de con números redondos de toda la vida (10,100,1000), es una forma de optimizar los recursos. Típicamente para variables que van a tomar valores pequeños se usa el tipo byte (8 bits->256 posibles valores). 
Supongo (remarco supongo, que no tento ni idea de las verdaderas razones,solo es lo que me imagino yo) que en macromedia elegirian almacenar el valor de alpha con un byte porque es el tamaño más pequeño que da un resultado aceptable. Podrian haberlo implementado con otro tipo (coma flotante, por ejemplo) que diera valores exatctos con 50 decimales, aunque sería desperdiciar recursos ya que nadie va a necesitar tanta exactitud. En muchos otros lenguajes de programación para los colores y transparencia se usan típicamente valores entre 0 y 255 directamente. Supongo que habrán hecho la "conversión" a 0..100 para que sea más intuitivo, ya que todo el mundo está más acostumbrado a manejar porcentajes.
A la hora de la verdad esto tampoco tiene demasiada importancia aunque hay situaciones en las que puede llevar aun buen quebradero de cabeza. 
Por ejemplo, hay que tener cuidado de no hacer esto:
mc._alpha = 20;
if (mc._alpha==20) .....
ahí probablemente la comparación sería falsa (sería casi 20 pero no exactamente 20) y no entraría en el if. Por eso es recomendable evitar los == en la medida de lo posible, cambiarlos por >=, != u otra comprobación.
Bueno, vaya parrafada he soltado. se ve que estoy aburrido  

 jeje
saludos