Tengo entendido que en el formato dvd, el audio viene por separado, podrías hacer lo mismo, incluírlo por separado, pero es algo bastante complicado, y honestamente nunca he trabajado con mpeg4 como formato de video dentro de flash.
Yo te recomendaría que cambiaras de formato, checa la ayuda de flash, ahí debe venir que tipo de formatos son los que acepta el flash para poder convertir a formato .flv que es el que mejor maneja flash.
Por cierto, Bienvenido a Cristalab.
