Hola, ya he encontrado el error, resulta que yo la prueba la hacía añadiendo al archivo html que genera flash automaticamente los parametros con FlashVars y lo que pasaba es que en estos html hay un código que es el siguiente:
<script language="JavaScript" type="text/javascript">
AC_FL_RunContent(
'codebase', 'http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=10,0,0,0',
'width', '800',
'height', '550',
'src', 'Mapa Jaen_Comarcas_12',
'quality', 'high',
'pluginspage', 'http://www.adobe.com/go/getflashplayer_es',
'align', 'middle',
'play', 'true',
'loop', 'true',
'scale', 'showall',
'wmode', 'window',
'devicefont', 'false',
'id', 'Mapa Jaen_Comarcas_12',
'bgcolor', '#ffffff',
'name', 'Mapa Jaen_Comarcas_12',
'menu', 'true',
'allowFullScreen', 'false',
'allowScriptAccess','sameDomain',
'movie', 'Mapa Jaen_Comarcas_12',
'salign', ''
); //end AC code
</script>
<noscript> <object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=8,0,0,0" width="800" height="550" id="Mapa Jaen_Comarcas_12" align="middle" VIEWASTEXT>
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="allowFullScreen" value="false" />
<param name="movie" value="Mapa Jaen_Comarcas_12.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="bgcolor" value="#ffffff" />
<param name="FlashVars" VALUE="comarca=1&municipio=0"/>
<embed src="Mapa Jaen_Comarcas_12.swf" FlashVars="comarca=1&municipio=0" quality="high" bgcolor="#ffffff" width="800" height="550" name="Mapa Jaen_Comarcas_12" align="middle" allowScriptAccess="sameDomain" allowFullScreen="false" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" />
</object>
</noscript>
para que funcione lo unico que hay que hacer es dejar solo el trozo de codigo de objeto flash, es decir, quitar lo que he puesto en negrita.
Un saludo y muchas gracias ya que tambien había que poner la llamada como me la comentaste.