Google me dio la respuesta, os la pongo por si alguien está interesado:
Código ActionScript :
var value:String = "probando"; //value de ejemplo
var abriendo:IFlexDisplayObject = PopUpManager.createPopUp(this, miVentana, true);
myPagina(abriendo).myLabel.text = value;
PopUpManager.centerPopUp(abriendo);
Donde myPagina es el mxml que contiene el popup (myPagina.mxml) y myLabel es el valor que queria tocar... por supuesto se puede hacer con una variable:
Código ActionScript :
myPagina(abriendo).myVariable = value;