hola! para personalizar el color tendrias que hacer un estilo
te pongo un ejemplo
Código Flex :
<mx:Style>
Alert
{
fontSize: 17;
fontWeight:bold;
textAlign:center;
fontFamily:Arial;
themeColor: haloOrange;
backgroundColor:#b5b1c7;
borderColor:#b5b1c7;
color: #28189c;
}
</mx:Style>
y luego para personalizar los botones debes de usar los siguientes comandos son para el boton aceptar el cancela y las propiedades de los mismos te paso un ejemplo
Código Flex :
Alert.noLabel = "Cancelar";
Alert.yesLabel = "Aceptar";
Alert.buttonHeight = 25;
Alert.buttonWidth = 120;
espero que te sirva si tienes alguna duda dimelo y te la intento resolver,
es que a mi me paso algo parecido