Esto es un tema de comportamientos de html no de flash, pero te dejo respuesta:
En tu index.html pon el siguiente código:
Código :
<a href="javascript;" onclick="MM_openBrWindow('nombredetuweb.html','','width=100,height=100')">abrir</a>
nombredetuweb.html = tu web (logicamente)
wird y height = alto y ancho de la ventana en la que quieras que aparezca tu web
con esto al clicar en el texto “abrir” se abrirá un pop up con tu web encajada en el alto y ancho que hayas puesto.