Problema al trabajar con Sub - dominios.-

Estoy creando 5 sub-dominios, cada uno de ellos trabaja con la misma libreria de Javascript y CSS.- Mi pregunta es que si estoy obligado a crear las mismas carpetas por cada subdominio.-

Ej.:
sub1.pagina.com/css
sub2.pagina.com/css
sub3.pagina.com/css
sub4.pagina.com/css
sub5.pagina.com/css

Hay alguna manera de configurar eso en el servidor, ya que si por ejemplo hago una modificacion en alguno de estos archivos va a ser un poco tedioso cambiar cada archivo, y se da tambien para errores.-

puedes hacer que todos los subdominios busquen las librerias y el css en la root del dominio principal y luego configuras el apache con un hotlinking para que no se aprovechen de tus recursos
a mi parecer esa seria una muy buena opcion a tu problema saludos