El fichero crossdomain.xml ha de ubicarse en el raiz del sitio, no de la aplicación, es decir
http://{tudominio}/crossdomain.xml
El contenido del fichero debe ser algo como esto:
Código :
<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE cross-domain-policy SYSTEM "http://www.macromedia.com/xml/dtds/cross-domain-policy.dtd">
<cross-domain-policy>
<allow-access-from domain="*.{tudominio}" to-ports="443"/>
</cross-domain-policy>
Y la petición que realices desde FileReference hacerla sobre http puerto 80, para asegurarte que la petición requiere el crossdomain.xml para resolver la discrepancia. El problema es que FileReference cuando encuentra un problema de acceso por SSL, por defecto codifica en la petición el puerto 80, y de ahí el problema de subida. IE no envia el puerto de petición por ello funciona correctamente, pero FF si que lo envía (cosa que es mejor en todos los aspectos

)
Suerte...