Muchas gracias por tu respuesta me sirvió mucho para encontrar la solución.
Lo he conseguido con javascript, lo único que tuve que hacer es colocar la pelicula flash dentro de una <tabla> y un <div> que tiene la funcion para deshabilitar el scroll cuando el mouse esté sobre la película.
Código :
<table width="980" border="0"><tr><td align="center">
<div onmousewheel="return false" >
Aquí va el objeto flash
</div>
</td></tr></table>
el div <div onmousewheel="return false" > contiene el evento del mouse, por lo tanto al pasar el mouse sobre este div (que es el que contiene la pelicula flash) se deshabilita el scroll del mouse y por lo tanto ya funciona a la perfección cualquier scroll en flash sin que se mueva la barra de desplazamiento del navegador.