Puedes acceder a una propiedad específica desde el StyleManager, es decir asignas un estilo básico y luego lo vas modificando runtime, por ejemplo esta es una porción de un código que tengo para customizar una aplicación runtime
Código :
public function setTabColors(initObj:Object):void{
//trace("setTabColors in Flex")
if(initObj.tabBaseColor) StyleManager.getStyleDeclaration(".tabStyle").setStyle("backgroundColor", initObj.tabBaseColor)
if(initObj.tabBorderColor) StyleManager.getStyleDeclaration(".tabStyle").setStyle("borderColor", initObj.tabBorderColor)
if(initObj.tabAlign) StyleManager.getStyleDeclaration(".tabStyle").setStyle("horizontalAlign",initObj.tabAlign);
if(initObj.tabBorderColor) StyleManager.getStyleDeclaration(".myTabs").setStyle("borderColor", initObj.tabBorderColor)
if(initObj.tabTextColor) StyleManager.getStyleDeclaration(".myTabs").setStyle("color", initObj.tabTextColor)
if(initObj.tabColor) StyleManager.getStyleDeclaration(".myTabs").setStyle("backgroundColor", initObj.tabColor);
if(initObj.tabFillColors) StyleManager.getStyleDeclaration(".myTabs").setStyle("fillColors", initObj.tabFillColors.split(","));
if(initObj.tabTextRollOverColor) StyleManager.getStyleDeclaration(".myTabs").setStyle("textRollOverColor",initObj.tabTextRollOverColor);
if(initObj.tabThemeColor) StyleManager.getStyleDeclaration(".myTabs").setStyle("themeColor",initObj.tabThemeColor);
if(initObj.tabSelTextColor) StyleManager.getStyleDeclaration(".mySelectedTabs").setStyle("color",initObj.tabSelTextColor);
if(initObj.tabScrollBarColors) StyleManager.getStyleDeclaration(".myScrollbar").setStyle("fillColors",initObj.tabScrollBarColors.split(","));
if(initObj.tabScrollBarOverColor) StyleManager.getStyleDeclaration(".myScrollbar").setStyle("themeColor",initObj.tabScrollBarOverColor);
.....
Lo que voy haciendo es modificar propiedades del estilo que le he asignado por defecto, el initObj en este ejemplo es un objeto con todas las propiedades que necesita saber la aplicación creado desde una especie de "panel de personalización"
Jorge