Puedes pasar parámetros al PHP dentro de la estructura que envias por FileReference, fijate de esto..
Código :
var urlVars:URLVariables = new URLVariables();
var uploadURL:URLRequest = new URLRequest();
uploadURL.url = "UploadFile.php"; //<--php receptor del envio
urlVars.description = "loquequieras"; // <-- puedes pasar cadenas si quieres
urlVars.remotefolder = "mirutadedestino/enelServer/"; //<-- ruta a la que se moverá el fichero subido al servidor.
uploadURL.data = urlVars;
uploadURL.method = URLRequestMethod.POST;
var file : FileReference = new FileReference();
file.browse(new Array(getImageTypeFilter()));
espero que te sirva de orientación y ayuda...