Hola, AdeonsLa respuesta radica en el tipo de web que queramos crear, así como a quién pensamos dirigirla. Así, si tu web es un catalogo de productos, con bastante contenido, y con interés en que sea fácilmente localizable en buscadores, y también que sea accesible, entonces tu respuesta quizas es html.
En cambio, si quieres una web que priorice el aspecto visual, con animación y con una clara preeminencia de la imagen sobre el texto, entonces tu respuesta es el flash.
No obstante, una opción que combine el html y el flash siempre es una buena elección, por ejemplo una página programada en html con animaciones en flash para ilustrarla. De esta forma, podemos obtener las ventajas de ambos: el impacto visual del flash, y la mejor navegación del html.
Aqui hay un debate interesante en cuanto a lo que preguntas ( esta bueno) ademas incluye un estudio del mercado, con respecto a esto...
Saludos...