ESTANDARES, como su nombre indica es algo "standard" o común a todos. el W3C es un organismo "reconocido", con cierto peso en la red (que coño, con mucho peso, solo que la gente se lo pasa por el forro)
Quizás con un ejemplo lo entiendas mejor, el W3C es el organismo que dicta los protocolos y demás normas a seguir. Podría ser como la federación de fútbol, que dicta las reglas para jugar al fútbol, lo que no indica que tus no puedas crear tus propias reglas, pero ya sabes que entonces no podrás jugar en la federación.
¿ Que pasa con Internet Explorer ? Que tiene su propio "standard", muy parecido realmente al del W3C, pero con muchas diferencias leves, que hacen que tengamos que usar hacks para que las páginas se vean bien en IE y en otros navegadores. En cambio Firefox, Mozilla, Opera, ... y demás compañía si que están sujetos a los estándares y los acatan al 100%, por lo que una web que se vea bien en Firefox se verá bien en Mozilla, Netscape, Opera, K-melon... en cambio en IE, esa página "puede" que no se vea del todo bien. Con esto tenemos ciertos puntos EN CONTRA de Internet Explorer.
Además podemos añadir que Microsoft hizo una apuesta por el ActiveX para incluir contenido multimedia en la web, que funciona, pero deja abiertas miles de puertas para ataquen e intrusiones ajenas.
Hoy en día M$ se ha dado cuenta de que es el único que va por su cuenta, con sus estandares propios y según se comenta en la versión 7 de su navegador acatará más estandares (no al 100%) por lo que posiblemente, aquellas personas que diseñaron páginas exclusivamente para IE tengan que rehacerlas
Ahora, no hay navegadores mejores y peores, es solo el que a ti más te guste.
Por otro lado tu problema quizás se deba a que el swf tiene un tamaño en pixeles y en el html estés indicando otro diferente (en los dos etiquetas)