Hola,
Utiliza porgressive download, y sigue como dijo alfathenus, los pasos, no modifiques nada si no sabes de que se trata. Ahora donde te pide la velocidad de transmisión de datos (300kb/s, 700kb/s, ..) escoge la que te convenga. Mientas mas alto la Velocidad de transmision de datos, mayor peso, y mientras menor, menor el peso de tu pelicula flv. Luego te aparece la ventana de skin, si lo que quieres es que te reproduzca el video independientemente entonces escoges un Skin. Pero si lo que quieres es llamarlo desde un swf. entonces no escoges ninguno.
Una duda mas, ¿Que versión de Flash Player tienes? Si tienes Flash 8 (por ejemplo) y tienes flash Player 6 no veras el video solo saldra el sonido. Es decir si codificas el video para version 7, solo se vera a partir de esa version en adelante.
P.D: Te sugiero que verifiques tu versión Flash Player antes de hacer nada.
Saludos.