Bueno pues tras aplicar la solución de publicación de flash en las webs he conseguido eliminar el maldito recuadro pero han ocurrido algunos problemas:

1. No se cómo hacer que aparezca el texto descriptivo de la animación con esta solución. De la manera "tradicional" simplemente le poniamos un title a la etiqueta object y a tirar pero con esta solución no me aparece y creo que es algo que no hago bien.

2. He leido que algunos han tenido problemas con ciertas animaciones a la hora de publicarlas de ésta manera: no aparecian ciertas máscaras,... En mi caso sólo me ocurre con Opera. Las animaciones sólo me aparecieron cuando modifiqué la versión del objeto flash a la versión 7, es decir:
var so = new SWFObject("mi animación", "prueba", "750", "142", "7", "#FFFFFF");
Y aún así el texto de una de ellas no me aparece. Es un texto animado que si que puedo ver perfectamente en explorer o firefox pero el Opera se lo come.

Además de abrir el hilo por si alguien pudiera ayudarme creo que vendrá bien para ver que otros problemas se han planteado con ésta nueva solución para publicar flash sin problemas en Explorer.

Muchas gracias de antemano y un saludo!!!