Claro... flash player v8 estará en linux a mediados de este año (al menos eso dicen, junto con la salida de Flash 8.5)
Es importante saber para quién programas y qué programas, así como la facilidad del usuario final de tener los "requerimientos" ...
Me refiero a que si por ejemplo estás programando una intranet para ordenadores que son Windows/Mac pues da "igual" que versión uses, pero en cambio linux solo hay hasta la 7. Si haces una web para un grupo determinado que sabes que en su mayoría usan windows (por ejemplo, los adictos al messenger...

D) pues usa flash8, pero..
Por lo general publica tus archivos en la versión más antigua que puedas (dentro de un límite), estate atento a los índices de penetración (uso) de las versiones del flashplayer. Por ejemplo, actualmente hay "poca" penetración de la versión 8 (usuarios de linux no la tienen, además de que es relativamente "nueva", y a diferencia de las anteriores ésta no te avisa de que necesitas v8, es decir, el player7 intenta reproducir películas para la v8 sin avisar de que no puede) por lo que por el momento es mejor publicar en la v7 (gran penetración) publicar en la v6 estaría bien, pero con la v7 hay un gran número de ordenadores ya.