mmm...
Había algún post donde hacían que el flash fuera transparente...
De todas formas, tendrías que hacer el flash grande como lo necesiten los submenús; con lo que se te desmontaría la página.
Podrías usar divs sobrepuestas, pero igual te trae problemas de niveles (z-index) con lo que no podrías hacer clic en lo que haya debajo, o vete a saber qué...
Es un problema complicado.
Por eso te digo:
Mejor hazlo con JavaScript. Te traerá menos problemas de cabeza en esta parte.
Una ayuda: <
link>

SuerT