Moleculas quimicas en flash

Saludos a todos, bueno pues esta vez les escribo para algo un poco diferente, yo soy studiante de Quimico Farmacobiologia, y estoy realizando una presentacion para bioquimica, tengo que mostrar los sitios de accion de algunas proteinas y la presentacion la estoy haciendo en Flash, tengo conocimientos medios. Me esta quedando bastante aceptable, solo que he querido incluir, las moleculas con una vista 3D, como en el programa RASMOL pero no puedo integrarlas, he intentado desde secuencias GIF (que no me gusta como quedan) hasta he intentado leer el Scrip q estas generan (pero no hay manera de esportarlas a flash, salvo que exista ya un conversor, que sinceramente no creo q exista) Cual es su recomendacion, chequense el programa y diganme que harian, o cual es la mejor alternativa.

De antemano gracias por tomarse el tiempo, espero sus respuestas. y saludos

Acepto cualquier tipo de sugerencia