MYSQL, quitar todas las coincidencias de una tabla en otra

Hola soy nuevo en esto de mysql, alguien me podria ayudar con la mejor forma de hacer un query que me permita insertar los ids de productos en una tabla llamada productosExistensia, todos los productos en algunas tiendas, y todos los productos de algunos almacenes??

Bueno lo que deseo es evitar que el segundo query repita ids, de producto, todo siendo lo mas optimo posible.

en teoria tengo esto, pero no se si sea lo mejor:

INSERT INTO productosExistensia SELECT
DISTINCT (ids)
FROM productos p
INNER JOIN populares ps ON ps.id = p.id
LEFT JOIN almacenes a ON a.id = p.id AND stock >0

WHERE
1 = 1
AND a.id is null;