Conosco una forma pero no seria como un .exe espero y te sirva , yo la eh utilizado y funciona.
Mira generas tu animación al tamaño de tu monitor de preferencia, ya que cuando colocas una pagina web como fondo te deshabilita las opciones de centrada, mosaico y expandida.
Ya que tengas lista tu animación, le das publicar o presionas F12 para que te genere el archivo html.
Cuando ya tengas tu archivo HTML y SWF simplemente tienes que ir a la carpeta de C:\WINDOWS\Web\Wallpaper y ahí colocar tus archivos.
y Listo te vas a propiedades->Escritorio y buscas el archivo html que acabas de pegar en esa carpeta y asi ya tienes tu archivo SWF como Fondo.
Espero me haya explicado bien .