Lo mas probable es que "alguien" alla podido encontrar algun bug en el sistema de seguridad de tu servidor y subio el trayano el mismo, es muy comun esto en servidores web, hackers q burlan seguridad y suben sus troyanos en servidores ajenos.
Trata de hacerles llegar la noticia a tus proveedores de hosting, asi lo tienen en cuenta
Una vez me paso esto con el servidor de uno de mis clientes y lo que hice fue eliminar todo, absolutamente todo del servidor y volver a subirlo
Contame como te fue y si pudiste solucionarlo...
Saludos y Suerte!