Hola Edu.
Efectivamente hay una forma de hacerlo, y es además la que tienes que hacer (recomendado además).
El caso es que según lo que cuentas, desde una primera página que es un html, abres una segunda ventana, y en esta 2ª ventana no hay html, es decir, invocas el archivo swf a lo bruto y el navegador lo abre sin más.
Si abres en una segunda ventana un contenido flash sería recomendable que en vez de abrir un flash "swf" directamente abras un "html" y que éste contenga el flash donde la estructura básica del código queda como ves debajo.
Código :
<html>
<head>
[b]<title>AQUI EL TITULO DE LA VENTANA QUE ABRES</title>[/b]
</head>
<body>
[b]<object>evidentemente aquí iría el objeto flash</object>[/b]
</body>
</html>
... vamos que desde el propio flash cuando abres el propio menú Archivo-> configuración de publicacion, si le das a la opcion html además de publicar un archivo swf, además también te genera el archivo html con el flash incrusado (lo llama al archivo html de la misma forma que al flash) tan sólo tendrías que entrar al codigo hml generado y cambiarle el <title></title>.[/code][/b]