bueno, a parte de formarlo correctamente y hacerlo -en la medida de lo posible- lo más compatible con la mayoría de los navegadores, dentro el código xhtml debes:
1. ponerlo dentro de las etiquetas <head>, esto asegura su descarga antes que el mismo sitio
2. al igual que con css, utilizar un archivo a parte, de esta forma se queda en el caché del navegador y no lo carga otra vez, si no lo haces así y metes el script interfiriendo con el código, tu sitio cargará más lento, utilizarás más ancho de banda y perderás totalmente la idea de separación de contenido y diseño
3. ser más semántico, por ejemplo para el tema de los popups (NADA recomendados), tienes que imaginar que, en el peor de los casos, el usuario tiene desactivado javascript, entonces lo haces más semántico:
Código :
<a href="popup.html" onclick="abrirPopup(this.href); return false">abrir popup</a>
así, en un navegador que tenga activado javascript se abrirá una ventana nueva y en el que no, el enlace simplemente lo llevará a donde quieres
en fin, son algunas recomendaciones, la mayoría se sacan usando simple lógica.
un saludo.